স্বায়ত্বশাসিত প্রতিষ্ঠান হলো যে প্রতিষ্ঠান গুলো সরকারের অর্থ সহায়তায় পরিচালিত হয়। তবে প্রশাসন নিজেদের নিয়মে শাসিত হয়। পেনশনের আওতাভূক্ত নয়। স্বায়ত্বশাসিত প্রতিষ্ঠান গুলো নিজস্ব নিয়ম কানুনে চলে তবে সরকার তাদের উপর অধ্যাদেশ জারী করতে পারে। হস্তক্ষেপ করতে পারে। তবে তা প্রতিষ্ঠান প্রধানকে শুধু মাত্র নিয়ন্ত্রণ করে। একটি বডি দ্বারা পরিচালিত হয়। ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় স্বায়ত্বশাসিত প্রতিষ্ঠান। নিয়োগ, বদলী নিজেদের মধ্যে এক দপ্তর থেকে অন্য দপ্তরে এর বাইরে কোথায় বদলী করা যায় না। সরকারী চাকুরী করেন একজন মৎস্য অফিসার তাকে বাংলাদেশের যে কোন থানা বা উপজেলায় বদলী করা যায়। বেতন ভাতাটি সারা দেশে সরকারী প্রতিষ্ঠানের একই স্কেল থাকবে। কিন্তু শায়ত্বশাসিত নিজেদের প্রতিষ্ঠানের রেসিও অনুযায়ী হবে। সরকারী প্রতিষ্ঠানের আয় সরকারী কোষাগারে জমা হয়। আর স্বায়ত্বশাসিত প্রতিস্ঠানের আয় প্রতিষ্ঠান প্রধান প্রতিষ্ঠানের কাজেই ব্যয় করতে পারেন। স্বায়ত্বশাসিত প্রতিষ্ঠান সরকারের নিকট থেকে বাৎসরিক বাজেট পায়। সরকারী প্রতিষ্ঠান সম্পূর্ণ সরকারি বেতন পান।
