বর্ডার সেচ পদ্বতিতে জমির ঢাল ও বন্ধুরতা অনুযায়ী ফসলের জমিকে কতকগুলো খন্ডে বিভক্ত করা হয়। প্রধান নালা থেকে জমির খন্ডগুলোতে পানি সরবরাহ করা হয়। প্রতিটি খন্ডে প্রধান নালা থেকে পানি প্রবেশের পথ
আছে। একটি খন্ডে পানি সেচ দেয়া হলে এর প্রবেশ পথ বন্ধ করে পরবর্তী খন্ডে পানি সরবরাহ করা হয়। এই পদ্ধতিতে অতিরিক্ত পানি নিষ্কাশনের ব্যবস্থাও আছে।