উদ্ভিদে পরাগায়ন প্রধানত দুইভাবে হয়ে থাকে। যথা- স্ব-পরাগায়ন এবং পর-পরাগায়ন।
স্ব-পরাগায়নঃ পরাগধানী হতে পরাগরেণু আপনাআপনি স্থানান্তরিত হয়ে যখন একই ফুলের বা একই গাছের অন্য কোনো ফুলের গর্ভমুণ্ডে পড়ে তখন তাকে স্ব-পরাগায়ন বা সেল্ফ পলিনেশন বলে। স্ব-পরাগায়নে দুটি ফুলের জিনোটাইপ একই রকম হয় তাই উৎপন্ন ফলে যে বীজ হয় তাতে জিনোটাইপের কোনো পরিবর্তন হয় না। ফলস্বরূপ ঐ বীজ থেকে পরবর্তীতে যে গাছ হয় তারও বৈশিষ্ট্য মাতৃ-উদ্ভিদের মত হয়। বলা যায়, এ পদ্ধতিতে প্রজাতির বিশুদ্ধতা অটুট থাকে বা রক্ষিত হয়।
পর-পরাগায়নঃ পরাগধানী হতে পরাগরেণু আপনাআপনি স্থানান্তরিত হয়ে যখন যখন পরাগধানী হতে পরাগরেণু কোনো মাধ্যমের বা বাহকের দ্বারা স্থানান্তরিত হয়ে একই প্রজাতির অন্য একটি গাছের ফুলের গর্ভমুণ্ডে পড়ে তখন তাকে পর-পরাগায়ন বা ক্রস পলিনেশন বলে। বাহকের মধ্যে উল্লেখযোগ্য হলো বাতাস, পোকামাকড় ইত্যাদি। এক্ষেত্রে ফুলগুলোতে জিনোটাইপের ভিন্নতা থাকে বিধায় এর ফল থেকে যে বীজ উৎপন্ন হয় তাতেও জিনোটাইপের পরিবর্তন হয়। ফলস্বরূপ এ বীজ থেকে যে গাছ হয় তার বৈশিষ্ট্য পুরোপুরি মাতৃ-উদ্ভিদের মতো হয় না; পরবর্তী বংশধরদের মাঝে নতুন প্রকরণ কিংবা নতুন প্রজাতিরও উদ্ভব হতে পারে। উদাহরণস্বরূপ সরিষা, জবা, কুমড়া, ধুতরা, টমেটো, সিম।একই ফুলের বা একই গাছের অন্য কোনো ফুলের গর্ভমুণ্ডে পড়ে তখন তাকে স্ব-পরাগায়ন বা সেল্ফ পলিনেশন বলে। স্ব-পরাগায়নে দুটি ফুলের জিনোটাইপ একই রকম হয় তাই উৎপন্ন ফলে যে বীজ হয় তাতে জিনোটাইপের কোনো পরিবর্তন হয় না। ফলস্বরূপ ঐ বীজ থেকে পরবর্তীতে যে গাছ হয় তারও বৈশিষ্ট্য মাতৃ-উদ্ভিদের মত হয়। বলা যায়, এ পদ্ধতিতে প্রজাতির বিশুদ্ধতা অটুট থাকে বা রক্ষিত হয়।
